از زمان ورود اچ. آی. وی به بدن مدت زمان کمی (چند روز) طول می کشد تا آن فرد بتواند ویروس را به دیگران منتقل کند. حدود 3-1 ماه طول می کشد تا تست بیمار (بسته به نوع تست) مثبت شود و بتوان وی را به وسیله آزمایشات شناخت. در این موقع فرد هنوز علایم بیماری را پیدا نکرده و ظاهری کاملاً سالم دارد. موقعی که ویروس وارد بدن می شود تا موقعی که بتوان وی را از نظر آزمایشگاهی تشخیص داد به دوره پنجره (window period) معروف است. در این دوره اگر فرد آزمایش شود منفی خواهد بود ولی در صورت داشتن روابط جنسی محافظت ‌نشده یا تزریق مشترک و... می‌تواند ویروس را منتقل نماید. بنابراین حتی اگر شخص به تازگی آزمایش شده و آزمایش وی را پاک نشان داد نمی توان مطمئن بود که او بیمار نیست و حتما باید احتیاط لازم را در ارتباط با او رعایت نمود.
از موقعی که ویروس وارد بدن فرد می شود 2 تا 15 سال طول می کشد تا بتوان وی را با معاینات بالینی تشخیص داد. در بیشتر موارد شروع بیماری با یک ناخوشی شبیه آنفلوانزا است.
با کاهش قدرت سیستم دفاعی، بدن به مرور آماده ابتلا به عفونت ها و
بیماری هایی می شود که به طور معمول نادر است. بیماری های عفونی نادر،
اسهال های شدید و مزمن، تب طولانی، کاهش وزن، بیماری های پوستی، مغزی و شخصیتی از علایم ایجاد بیماری است.
علایمی که شخص در صورت ابتلا دارد عبارتند از بزرگ شدن غدد لنفاوی گردن، سینه و پهلو، ابتلا به سل و لاغری شدید، عفونت قارچی دهان ( برفک)، اسهال طولانی.
لازم به ذکر است این علایم اختصاصی نیست و ممکن است در بیماری های دیگر نیز وجود داشته باشد. در صورت وجود علایم فرد باید به پزشک مراجعه نماید تا بیماریش تشخیص داده شود.
از موارد فوق می توان نتیجه گرفت در این مدت طولانی ظاهر فرد ممکن است سالم باشد ولی در واقع مبتلا به ویروس اچ. آی. وی است و می تواند بیماری را منتقل نماید.
درمان ضد ویروسی می‌تواند دوره‌ پنهان بیماری را طولانی کند. بدین معنی که فرد آلوده در صورتی که درمان ضد ویروسی بگیرد، دیرتر علایم بیماری اش ظاهر می‌گردد و ممکن است بتواند زندگی طولانی و طبیعی داشته باشد.
نیمی از افراد آلوده به ویروس که درمان ضد ویروسی نگیرند بعد از 10 سال فوت می کنند. وقتی علایم بیماری آغاز شود 5-3 سال طول می کشد تا مرگ واقع شود.