در دوران حاملگی، هنگام وضع حمل یا کمی بعد از زایمان، ویروس نقص ایمنی می‌تواند از مادر آلوده به کودک انتقال یابد. اچ. آی. وی همچنین می‌تواند در شیر پستان زن آلوده وجود داشته باشد و به نوزادش منتقل شود اما در صورت در دسترس بودن درمان پیشگیری‌کننده (پروفیلاکسی) و استفاده از داروهای مناسب، شانس این انتقال بسیار کاهش می‌یابد.
هرچند در بسیاری از کشورهای در حال پیشرفت و فقیر، چنین داروهایی در دسترس نیست. در کودکان، آلودگی به اچ. آی. وی به سرعت به طرف ایجاد بیماری ایدز پیشرفت می کند و شانس زنده ماندن کودک هم کم است.